Skaneerimisrežiim võimaldab skanneri käivitada, annab juurdepääsu proovikambrile objekti paigaldamiseks või asendamiseks, aktiveerib/deaktiveerib röntgenikiirguse allika, reguleerib (käsitsi või automaatselt) allika parameetreid ja energia filtreerimist, kogub röntgendetektorist kujutise, teostab kõik kujutise parandused, sealhulgas aktiivne artefaktide kõrvaldamine, salvestab/laeb üksiku kujutise või kujutiste seeria objekti pööramise ajal sellele järgneva tomograafilise rekonstrueerimise jaoks, reguleerib objekti asukohta ja kujutise suurendust, näitab sisemise värvilise optilise kaamera abil objekti visuaalset kujutist proovikambris, teostab kõik kalibreerimisprotseduurid ja määrab/rakendab süsteemi seadeid. See võib salvestada kogu süsteemiseadete komplekti kasutaja konfiguratsioonina, et taastada vajadusel süsteemi seadistuse konkreetse uuringu jaoks. Operaator saab lihtsate hiireklõpsude abil mõõta objekti mõõtmeid ja kuvada ekraanil intensiivsuse profiile. Objekti saab proovikambris positsioneerida kujutist hiirega ekraanil lohistades või piksli suuruse, pöördenurga ja kõrguse arvväärtuste abil. Pikki objekte saab skaneerida mitme automaatselt teostatava osalise skaneeringuga, mis ühendatakse järgneva rekonstrueerimise käigus objekti virtuaalsete lõikude komplektiga.
Tarkvara võimaldab süsteemi intensiivset jälgimist koos kõigi nelja sisemise jahutusventilaatori pöörlemiskiiruse mõõtmisega, röntgendetektori sees oleva kuvaanduri jahutustemperatuuri mõõtmisega, röntgenikiirguse allika parameetrite ja tööaja lugemisega, kõigi põhikomponentide toitepingete jne lugemisega.